Nel Bacino Amazzonico scorrono tre diversi tipi di acque (le bianche, le chiare e le nere) che in numerose situazioni si mescolano dando origine a una serie di ambienti misti.
Le acque bianche sono tipiche del Rio delle Amazzoni e di tutti gli immissari (Rio Juruà, Rio Purus, Rio Madeira, ecc.) che nascono nella regione Andina. In questi corsi d'acqua vi è una tale quantità di fango e sedimenti che sembra che scorra del "cappuccino ricco di schiuma" al posto dell'acqua, la trasparenza massima è perciò limitata a soli 10-15 cm. mentre il valore del pH può variare tra 6.2 e 7.2. Sono le acque bianche ad ospitare le più importanti migrazioni di pesci del Sud America.
Tutti gli affluenti della sponda destra del Rio delle Amazzoni sono invece di acqua chiara, nascono tutti tra gli antichi rilievi meridionali delle highland brasiliane. Sono corpi d'acqua (Rio Tapaìos, Rio Xingu e Rio Tocantis) relativamente poveri di sedimenti, acidi o leggermente alcalini (pH 4.5-7.8), caratterizzate da un colore verdastro e da una trasparenza che può variare dai 60 cm. nella stagione della pioggia ai 4 mt. nella stagione secca.
Le acque nere invece sono completamente prive di sedimenti e le acque che vi scorrono sono perciò tra le più pure al mondo per la composizione chimica (pH 3.8-4.9). Il più famoso corso d'acqua nera è sicuramente il Rio Negro.

Elenco delle piante presenti in Amazzonia:

ACQUA BIANCA:
- Azolla sp.
- Ceratopteris sp.
- Eichornia crassipes
- Pistia stratiotes
- Phyllantus fluitans

ACQUA CHIARA:
- Echinodorus paniculatus
- Echinodorus bolivianus
- Echinodorus tenellus
- Cabomba furcata
- Ottellia brasiliensis
- Eichornia azurea

ACQUA NERA:
- Cabomba Acquatica
- Utricularia foliosa
- Azolla caroliniana
- Mayaca fluviatilis
- Tonina fluviatilis
- Eichornia azurea